შოთა რუსთაველის დამოუკიდებელ უნივერსიტეტში 1992 წელს პირველ-კურსელთა მიღება დაიწყო მედიცინის ფაკულტეტმა, რომლის შექმნაში რექტორთან (ნ. ვერძაძე) ერთად დიდი წვლილი შეიტანეს: აჭარის ა.რ. მაშინდელმა ჯანდაცვის მინისტრმა, მედიცინის მეცნიერებათა კანდიდატმა ბატონმა გივი ცივაძემ, უნივერსიტეტის პროფესორებმა ანზორ დიასამიძემ, რეზო ზოსიძემ, ბიჭიკო დიასამიძემ, მეცნიერებათა დოქტორმა მამია ფაღავამ, დოცენტმა ოთარ შამილიშვილმა, ექიმებმა: მედიცინის მეცნიერებათა დოქტორებმა, პროფესორებმა რამაზ სურმანიძემ, გიორგი სტურუამ, ქირურგებმა მედიცინის მეცნიერებათა კანდიდატებმა დოცენტმა ზურაბ თედორაძემ, აკაკი ბერიძემ და გივი ცეცხლაძემ (შემდგომში მედიცინის მეცნიერებათა დოქტორები), თერაპევტებმა დოცენტმა ჯიმშერ ლეჟავამ, მედიცინის მეცნიერებათა კანდიდატებმა ნერიმან ცინცაძემ, ზურაბ ჟრენტმა, პედიატრმა დავით ზოიძემ და სხვებმა. მეორე და შემდგომი კურსების გახსნისას კლინიკური საგნების სწავლებისთვის სასწავლო პროცესში მონაწილეობის მისაღებად უკვე მოწვეული იქნენ სხვადასხვა სპეციალობების ექიმები: მედიცინის მეცნიერებათა კანდიდატები: თენგიზ კონცელიძე, რენე თანდილავა, ვახტანგ ბერიძე და სხვა სპეციალისტები, რომელთა დიდი ნაწილი დღესაც წარმატებულად აგრძელებს თავის პედაგოგიურ მოღვაწეობას.

ახლად ჩამოყალიბებული სამედიცინო ფაკულტეტის საქმიანობა მთელ რიგ სიძნელეებთან იყო დაკავშირებული.უპირველესად ის, რომ არ არსებობდა სათანადო გამოცდილება, შესაბამისი მატერიალურტექნიკური ბაზა. ფაკულტეტის განმტკიცების მიზანს წარმოადგენდა სათანადო სასწავლო გეგმების ჩვენს პირობებზე მორგება, ასევე უნდა დაწყებულიყო პროფესორმასწავლებელთა და სტუდენტთა აქტიური სამეცნიერო კვლევითი საქმიანობა და სხვა. ზემოთ დასახელებული პირების აქტიური მცდელობით მოკლე დროში დაძლეული იქნა ყველა წინააღმდეგობა და ფაკულტეტი შეუდგა აქტიურ საქმიანობას. ფაკულტეტის წარმატებულ ფუნქციონირებას ხელი შეუწყეს ყველა იმ ადამიანმა ვინც ადმინისტრაციის სათავეებთან მოღვაწეობდა.

ფაკულტეტის გახსნის (1992 წ.) დღიდან 1994 წლის 16 ნოემბრამდე დეკანი იყო პროფესორი ანზორ დიასამიძე, ანუ ის არის ფაკულტეტის პირველი დეკანი; 1994 წლის 16 ნოემბრიდან 1997 წლის 1 დეკემბრამდე ფაკულტეტის დეკანი იყო ქიმიის კათედრის გამგე, დოცენტი ოთარ შამილიშვილი. 1997 წლის დეკემბრიდან 2004 წლის 7 ივლისამდე დეკანი იყო თერაპიის კათედრის გამგე დოცენტი, ნერიმან ცინცაძე. 2004 წლის აგვისტოდან 2005 წლის აგვისტომდე დეკანის მოვალეობას ასრულებდა მედიცინის დეპარტამენტის ხელმძღვანელი, მედიცინის დოქტორი კახაბერ ქაშიბაძე.

2005 წელს უნივერსიტეტში განხორციელებული რეფორმების შედეგად მედიცინის ფაკულტეტი შეუერთდა საბუნებისმეტყველო მეცნიერებათა ფაკულტეტს და შეიქმნა საბუნებისმეტყველო მეცნიერებათა და მედიცინის ფაკულტეტი. რომელიც ფუნქციონირებდა 2008 წლის სექტემბრამდე. ფაკულტეტის დეკანად არჩეული იყო სრული პროფესორი რუსუდან ხუხუნაიშვილი.

2008 წლის სექტემბრიდან ფაკულტეტზე განხორციელებული რეფორმების შედეგად მედიცინის მიმართულებები გამოიყო ცალკე და ეწოდა ჯანდაცვის ფაკულტეტი. ფაკულტეტის დეკანის მოვალეობის შემსრულებლად დაინიშნა სრული პროფესორი გივი ცეცხლაძე, რომელიც 2009 წლის მაისში აკადემიური პერსონალის მიერ უკვე არჩეული იქნა დეკანის თანამდებობაზე.

1992 წელს ახალგახსნილ ფაკულტეტზე შეიქმნა მედიცინის კათედრა, რომელიც კურირებდა ყველა საგნის პროგრამულ სწავლებას. კათედრას ხელმძღვანელობდა მედიცინის მეცნიერებათა კანდიდატი, დოცენტი ზურაბ თედორაძე. ის ბათუმში სამუშაოდ გადმოვიდა თბილისიდან, სადაც წლების განმავლობაში მუშაობდა თბილისის სახელმწიფო სამედიცინო ინსტიტუტის ჰოსპიტალური ქირურგიის კათედრაზე, რომლის გამგე გახლდა ჩვენი თანამემამულე, ქართული ქირურგიული სკოლის ერთ ერთი ფუძემდებელი აკადემიკოსი მამია (მემედ) კომახიძე, რომლის სახელობის სტიპენდიაც დაწესებულია ჩვენი ფაკულტეტის საუკეთესო სტუდენტისათვის.

მედიცინის კათედრის გახსნისთანავე ბატონ ზურაბთან ერთად სასწავლო პროცესში მონაწილეობდნენ ქირურგები, მედიცინის მეცნიერებათა კანდიდატები (შემდგომში დოქტორები) აკაკი ბერიძე და გივი ცეცხლაძე. მოგვიანებით კათედრა გაიყო და მის ბაზაზე ჩამოყალიბდა ზოგადი ქირურგიისა და შინაგან სნეულებათა პროპედევტიკის კათედრები. ზოგადი ქირურგიის კათედრის გამგე 2006 წლამდე იყო მედიცინის მეცნიერებათა კანდიდატი დოცენტი ზურაბ თედორაძე. რომელიც ასევე ხელმძღვანელობდა ჩირქოვანი ქირურგიის განყოფილებას რესპუბლიკური საავადმყოფოს ბაზაზე. კათედრაზე სასწავლო პროცესში მონაწილეობდნენ მასწავლებლები: მერაბ ჩხაიძე, ციალა თედორაძე, ეთერ იფშირაძე, ვაჟა თედორაძე. ზოგადი ქირურგიის კათედრაში შედიოდა ადამიანის ნორმალური ანატომია, ტოპოგრაფიული ანატომია ოპერაციული ქირურგიით, დეონტოლოგიისა და ავადმყოფის მოვლის საკითხები. სასწავლო პროცესში მონაწილეობდნენ მასწავლებლები მერაბი ჩხაიძე, ციალა თედორაძე, ეთერი იფშირაძე.

ახალგახსნილ მედიცინის ფაკულტეტს რექტორატის მხრიდან უშუალოდ კურირებდა პრორექტორი, პროფესორი ბიჭიკო დიასამიძე. სწორედ მისი დამსახურებაა, რომ 1993 წლიდან დაიწყო ფაკულტეტის პროფესორმასწავლებელთა და სტუდენტთა ერთიანი სამეცნიერო კონფერენციის ჩატარება, რომელიც შემდგომში ერთგვარ ტრადიციად იქცა.

ორი წლის შემდეგ უკვე ცალკე ტარდებოდა სტუდენტთა, ცალკე პროფესორმასწავლებლთა კონფერენცია. შემდგომ წლებში ბატონი ბიჭიკოსა და ფაკულტეტის აკადემიური პერსონალის ძალისხმევით ტარდებოდა პროფესორმას წავლებელთა რესპუბლიკური სამეცნიერო კონფერენციები, სადაც აქტიურად მონაწილეობდნენ როგორც ჩვენი, ისე საქართველოს სხვადსხვა უნივერსიტეტიდან მოწვეული პროფესორმასწავლებლები.

1994 წლიდან მედიცინის ფაკულტეტი სხვა ფაკულტეტებთან ერთად გაერთიანდა შოთა რუსთაველის სახელობის სახელმწიფო უნივერსიტეტის შემადგენლობაში და მის სტრუქტურულ ერთეულად იქცა. ამ პერიოდისათვის ფაკულტეტზე უკვე ფუნქციონირებდა ზოგადი ქირურგიისა და შინაგან სნეულებათა პროპედევტიკის კათედრები.

1994 წლიდან (დეკანი ოთარ შამილიშვილი) ფაკულტეტზე სწავლის მსურველთა რიცხვი გაიზარდა, რასაც ხელი შეუწყო ქვეყანაში არსებულმა პოლიტიკურეკონომიურმა მდგომარეობამ. აბიტურიენტები ვერ ახერხებდნენ სწავლის გასაგრძელებლად დედაქალაქის უნივერსიტეტებში წასვლას და მათი საუკეთესო ნაწილი ხდებოდა შოთა რუსთაველის სახელობის სახელმწიფო უნივერსიტეტის და მათ შორის ჩვენი ფაკულტეტის სტუდენტი. ამ პერიოდიდან მოყოლებული ფაკულტეტი კომპლექტდებოდა მაღალი აკადემიური მოსწრების მქონე ახალგაზრდებით. ისინი გამოირჩეოდნენ საუკეთესო თვისებებით და დღეს ბევრი მათგანი წარჩინებული ექიმია. მათ საფუძველი ჩაუყარეს გარკვეულ ტრადიციას, ფაკულტეტის სტუდენტები დღესაც წარმატებულად სწავლობენ აქტიურად მონაწილეობენ უნივერსიტეტის გაცვლით პროგრამებში. უკვე ათ წელზე მეტია რაც ჩვენი კურსდამთავრებულები ღირსეულად იცავენ როგორც ფაკულტეტის, ისე უნივერსიტეტის ღირსებას არა მარტო ჩვენს ქვეყანაში, არამედ მის ფარგლებს გარეთაც.