ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელმწიფო უნივერსიტეტის ფიტოპათოლოგიისა და ბიომრავალფეროვნების ინსტიტუტი თანამშრომლობს სხვადასხვა ადგილობრივ და საერთაშორისო  ორგანიზაციასთან:

• ხორბლისა და სიმინდის გაუმჯობესების საერთაშორისო ცენტრი (CIMMYT) ;
• მშრალი რეგიონების სასოფლო-სამეურნეო კვლევების საერთაშორისო ცენტრი (ICARDA) ;
• დიდი ბრიტანეთის სურსათისა და გარემოს კვლევის სააგენტო (FERA) ;
• გაეროს სურსათისა და სოფლის მეურნეობის ორგანიზაცია (FAO);
• საერთაშორისო სამეცნიერო-ტექნიკური ცენტრი (ISTC);
• აშშ  საერთაშორისო განვითარების სააგენტო (USAID);
• ვაშინგტონის უნივერსიტეტი(აშშ);
• მინესოტას უნივერსიტეტი(აშშ);
• მარცვლოვანთა ჟანგების გლობალური მონიტორინგის ბორლაუგის ინიციატივა;
• რუსეთის ფიტოპათოლოგიის სამეცნიერო-კვლევითი ინსტიტუტი;
• საქართველოს სოფლის მეურნეობის სამინისტრო;
• აჭარის სოფლის მეურნეობის სამინისტრო;
• აჭარის სოფლის მეურნეობის სამინისტროსთან არსებული ა(ა)იპ ,,აგროსერვისცენტრი“;
• სსიპ - საქართველოს შემოსავლების სამსახური;
• ა(ა)იპ ბათუმის ბოტანიკური ბაღი.