ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელმწიფო უნივერსიტეტის ფიტოპათოლოგიისა და ბიომრავალფეროვნების ინსტიტუტი ჩამოყალიბდა დამოუკიდებელ სამეცნიერო-კვლევით ერთეულად უნივერსიტეტის სამეცნიერო ცენტრის რეორგანიზაციის შესახებ ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელმწიფო უნივერსიტეტის წარმომადგენლობითი საბჭოს 2012 წლის 25 დეკემბრის №9 გადაწყვეტილების საფუძველზე. მანამდე, 2011 წლიდან, ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელმწიფო უნივერსიტეტის სამეცნიერო ცენტრის ფიტოპათოლოგიისა და ბიომრავალფეროვნების მიმართულების სახით მოღვაწეობდა, რომელიც წარმოადგენდა ფიტოპათოლოგიისა და ბიომრავალფეროვნების სამეცნიერო-კვლევითი ინსტიტუტების სამართალმემკვიდრეს.

საქართველოს ფიტოპათოლოგიის ინსტიტუტი(წარსულში მცენარეთა იმუნიტეტის ინსტიტუტი) 1991 წლის 22 მაისს დაარსდა ფიტოპათოლოგიის საკავშირო სამეცნიერო-კვლევითი ინსტიტუტის საქართველოს ფილიალის ბაზაზე, რომელიც ქობულეთში 1959 წლიდან ფუნქციონირებდა.

1964 წელს შეიქმნა ფიტოპათოლოგიის, ბიოლოგიური კონტროლის, მიკროორგანიზმების სელექციისა და გენეტიკის, ჰერბიციდების, ტოქსიკოლოგიისა და ფუნგიციდების ლაბორატორიები. 1970 წელს კი, ბორჯომის რაიონის დაბა წაღვერში, საველე სადგური ჩამოყალიბდა.

საბჭოთა პერიოდში ლაბორატორიებში სტრატეგიული მნიშვნელობის, მაღალვირულენტური და განსაკუთრებით მავნე სოკოვანი პათოგენების კვლევა მიმდინარეობდა. ფიტოპათოლოგიის საკავშირო კვლევითი ინსტიტუტის ფილიალი იყო საქართველოში პირველი სამეცნიერო დაწესებულება, სადაც დაიწყო მარცვლოვანთა პათოგენების პოპულაციის გენეტიკური სტრუქტურის კვლევა, მაღალვირულენტური რასების მიმართ გამძლეობის ეფექტური წყაროების მოძიება და გამოცდა, პერსპექტიული ფუნგიციდების და ჰერბიციდების სკრინინგი.

ქობულეთის გარემო პირობები უნიკალურია საველე ცდების ჩასატარებლად, რაც განპირობებულია საცდელი კულტურების კომერციული ნათესებისგან ბუნებრივი იზოლაციით და მცენარეთა პათოგენების ზრდისთვის ხელსაყრელი თბილი და ნოტიო კლიმატით.

საბჭოთა კავშირის დაშლის შემდეგ ინსტიტუტი საქართველოს სახელმწიფოს გადაეცა და მთავრობის დადგენილებით მას კვლევითი ინსტიტუტის სტატუსი მიენიჭა.

2006 წლიდან ფიტოპათოლოგიის ინსტიტუტი იყო განათლებისა და მეცნიერების სამინისტროს დაქვემდებარებაში, ხოლო საქართველოს მთავრობის 2010 წლის 9 ივლისის №185 დადგენილების საფუძველზე, ინსტიტუტი შეუერთდა შოთა რუსთაველის სახელმწიფო უნივერსიტეტს.

2010 წლის თებერვალში ხელმოწერილი მემორანდუმების საფუძველზე დაიწყო ინსტიტუტის მჭიდრო თანამშრომლობა სოფლის მეურნეობის სამინისტროსა და საქართველოს სურსათის უვნებლობის, ვეტერინარიისა და მცენარეთა დაცვის ეროვნულ სამსახურებთან.

2002 წელს ინსტიტუტმა თანამშრომლობა დაიწყო დიდი ბრიტანეთის სურსათის და გარემოს კვლევის სააგენტოსთან (FERA), რომლის ფარგლებში ფიტოპათოლოგიის ინსტიტუტს გადაეცა მოლეკულური ბიოლოგიის ლაბორატორიის თანამედროვე აღჭურვილობა, გაუმჯობესდა ინფრასტრუქტურა, მეცნიერ-თანამშრომლებმა გაიარეს ტრენინგები, შესრულდა საერთაშორისო სამეცნიერო-ტექნიკური ცენტრის(ISTC) ორი პროექტი.

საქართველოს ფიტოპათოლოგიის ინსტიტუტი წარმატებით თანამშრომლობს საერთაშორისო ორგანიზაციებთან – CIMMYT და ICARDA. კვლევის ძირითადი სფეროებია მარცვლოვანთა ჟანგების მონიტორინგი და ინტროდუცირებული სასელექციო მასალის გამოცდა.

ბიომრავალფეროვნების სამეცნიერო – კვლევითი ინსტიტუტი დაფუძნდა სამეცნიერო – კვლევითი ინსტიტუტის ბათუმის ბოტანიკური ბაღის ბაზაზე.

ბათუმის ბოტანიკური ბაღი, როგორც ქვეყნის ერთ-ერთი უდიდესი სიმდიდრე და ეგზოტიკური და ადგილობრივი ფლორის ,, მუზეუმი ღია ცის ქვეშ’’, დაარსდა 1912 წელს.

1930-იან წლებში ბაღში შეიქმნა 9 ფლორისტული განყოფილება: აღმოსავლეთ აზიის, ჩრდილოეთ ამერიკის, სამხრეთ ამერიკის, მექსიკის, ავსტრალიის, ახალი ზელანდიის, ჰიმალაის, ხმელთაშუა ზღვის და ამიერკავკასიის ტენიანი სუბტროპიკების. 1992 წელს ბაღში 2 ჰა ფართობზე საფუძველი ჩაეყარა ხეხილ-კენკროვან მცენარეთა განყოფილებას. სამეცნიერო კვლევები მიმდინარეობდა შემდეგ სამეცნიერო განყოფილებებში: მცენარეთა ინტროდუქციის; მცენარეთა ბიოქიმიისა და ფიზიოლოგიის; მცენარეთა სელექციის; მცენარეთა დაცვის; ადგილობრივი ფლორის; დეკორატიული მებაღეობისა და მეყვავილეობის განყოფილებებში.

1934 წლიდან ბათუმის ბოტანიკური ბაღის საქმიანობას ზედამხედველობას უწევდა სსრკ მეცნიერებათა აკადემია, ხოლო 1938 წლიდან საქართველოს მეცნიერებათა აკადემია.

2006 წელს ბათუმის ბოტანიკური ბაღი გამოეყო საქართველოს მეცნიერებათა ეროვნულ აკადემიას და გადავიდა საქართველოს განათლებისა და მეცნიერების სამინისტროს დაქვემდებარებაში, ხოლო 2007 წელს გაფორმდა საჯარო სამართლის იურიდიულ პირად.

2008 წლის 11 მარტს სსიპ ბათუმის ბოტანიკური ბაღის ტერიტორიაზე სამეცნიერო და სამეურნეო საქმიანობის გამიჯვნის მიზნით, ქალაქ ბათუმის მერიის მიერ დაფუძნებული იქნა არასამეწარმეო, არაკომერციული იურიდიული პირი(ა(ა)იპ) ბათუმის ბოტანიკური ბაღი, რომლის ფუნქციაც განისაზღვრა სამეურნეო საქმიანობითა და ბაღის ინფრასტრუქტურის განვითარებისთვის ხელშეწყობით, ხოლო სამეცნიერო საქმიანობა დაეკისრა სსიპ - ბათუმის ბოტანიკურ ბაღს,  რომელიც საქართველოს მთავრობის 2009 წლის 29 სექტემბრის №176 დადგენილების შესაბამისად, რეორგანიზაციის შემდეგ, 2010 წლის 1 იანვარს  შეუერთდა  სსიპ „ შოთა რუსთაველის სახელმწიფო უნივერსიტეტს“, როგორც ბიომრავალფეროვნების დამოუკიდებელი სამეცნიერო-კვლევითი ინსტიტუტი.

2011 წლიდან კი ზემოთ აღნიშნული ეს ორი სამეცნიერო-კვლევითი ინსტიტუტი გართიანდა და ეწოდა  ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელწიფო უნივერსიტეტის სამეცნიერო ცენტრის ფიტოპათოლოგიისა და ბიომრავალფეროვნების სამეცნიერო მიმართულება, ხოლო ამჯერად ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელმწიფო უნივერსიტეტის ფიტოპათოლოგიისა და ბიომრავალფეროვნების ინსტიტუტი (ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელმწიფო უნივერსიტეტის წარმომადგენლობითი საბჭოს 2012 წლის 25 დეკემბრის №9 გადაწყვეტილება).  ინსტიტუტის მეცნიერები ერთად, კოორდინირებულად ემსახურებიან რეგიონისა და ქვეყნის ბიომრავალფეროვნების მონიტორინგის, დაცვისა და გონივრული გამოყენების  საქმეს.