სამეცნიერო პროექტი - მცენარეულ საკარანტინო ბაქტერიული პათოგენის ქართული შტამების სრული გენომის გაშიფვრა,  #04/48

სამეცნიერო პროექტის შემსრულებლები - მთავარი მეცნიერ თანამშრომელი გალინა მეფარიშვილი, მეცნიერ თანამშრომელი მაკა მურადაშვილი (წამყვანი ორგანიზაცია - დაავადებათა კონტროლის ეროვნული ცენტრი, თანამონაწილე - ფიტოპათოლოგიისა და ბიომრავალფეროვნების ინსტიტუტი).

სამეცნიერო  პროექტის დაფინანსების წყარო - შოთა რუსთაველის ეროვნული სამეცნიერო ფონდი, აშშ სამოქალაქო კვლევების ფონდი (CRDF)

სამეცნიერო პროექტის განხორციელების ვადა - 2015-2017წწ.

სამეცნიერო პროექტის მიზანი - საქართველოში საკარანტინო  მცენარეული ბაქტერიული პათოგენის გენეტიკური მახასიათებლების განსაზღვრა, რათა შესაბამისად დაიგეგმოს ღონისძიებები სხვადასხვა მიმართულებით (მკურნალობა, შედეგების აღმოფხვრა და განათლება) სოფლის მეურნეობის სექტორი ამ საშიში პათოგენის მავნე ზემოქმედებისგან დასაცავად. პროექტის ორ განსაკუთრებით საინტერესო ასპექტს წარმოადგენს ის, რომ პირველად განხორციელდება ბაქტერიული პათოგენის Ralstonia solanacearum-ის ქართული შტამების გენომური თანმიმდევრობის გაშიფვრა და გენეტიკური დახასიათება. მოხდება საქართველოს სხვადასხვა რეგიონიდან გამოყოფილი შტამების შედარებითი დახასიათება და მონაცემები შედარდება გლობალურ მონაცემებთან.  მონაცემები გაანალიზებული იქნება ძლიერი ბიოინფორმატიკის პროგრამებით და გამოქვეყნდება რეფერირებად ჟურნალში. დაავადებათა კონტროლისა და საზოგადოებრივი ჯანმრთელობის კვლევით ცენტრში (დკსჯკც) ჩატარდა ტრეინინგები ჩვენი ინსტიტუტის მკვლევართათვის. პროექტის განხორციელების შედეგად მიღებული ინფრომაცია იქნება კრიტიკულად მნიშვნელოვანი მცენარეთა ბაქტერიული პათოგენის გავრცელებისა და მის წინააღმდეგ ბრძოლის საქმეში არა მხოლოდ საქართველოსათვის არამედ  შავი ზღვის აუზის სხვა მეზობელ ქვეყნებისათივს (სომხეთი, თურქეთი).

მთლიანი გენომის თანმიმდევრობის წაკითხვის შედეგად მიღებული მონაცემების გამოყენებით მოხდა ძირითადი გენეტიკური კლასტერების გამოყოფა. პროექტში გამოყენებული იქნა ფიტოპათოლოგიისა და ბიომრავალფეროვნების ინსტიტუტის საცავში არსებული შტამები.  მათ შორის შტამები სომხეთიდან და თურქეთიდან, რომელთა გამოყოფა განხორციელდა საქართველოში. გაშიფრულია შემდეგი ნიმუშების მთლიანი გენომი ნიმუშები N18, 57, 81, 230 ნიმუში N 81 (ახალქალაქი, მასპინძელი კარტოფილი, 2014) ნიმუში N 57 (ახალციხე, მასპინძელი კარტოფილი, 2014) ნიმუში N18 (ქობულეთი, მასპინძელი კარტოფილი, 2012), ნიმუში N230 (ჰოლანდია, მასპინძელი კარტოფილი, 2013). სექვენსის შედეგების გასაანალიზებლად გამოყენებული იქნა ბიოინფორმატიკული პროგრამა CLC Bio workbanch v 8.1. განცხორციელდა მონაცემების ხარისხის კონტროლი (QC). პირველადი მონაცემები 2016 წ წარდგენილი იყო საერთაშორისო კონფერენციებზე იორდანიაში და ტულუზაში, გამოქვეყნდა ნაშრომი მაღალრეიტინგულ გამომცემლობაში.