აღმოსავლეთმცოდნეობის დეპარტამენტი ჩამოყალიბდა ისტორიის, არქეოლოგიისა და ეთნოლოგიის დეპარტამენტის ბაზაზე, რომლის უმთავრეს ამოცანას აღმოსავლეთმცოდნეობის მიმართულების მაღალკვალიფიციური კადრების მომზადების პარალელურად, წარმოადგენს ეროვნული იდეალებისადმი სამსახური და სამოქალაქო ცნობიერების ფორმირების პროცესებისადმი ხელშეწყობა, ამიტომაც ბუნებრივია ის აქტიური პოზიცია, რომელსაც დეპარტამენტი იჩენს საზოგადოებრივ, საგანმანათლებლო თუ სახელმწიფოებრივი მშენებლობის პროცესში.
1990 წელს პედაგოგიური ინსტიტუტის ბაზაზე გაიხსნა ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელობის სახელმწიფო უნივერსიტეტი. მისასალმებელ სიტყვაში იმდროინდელმა საქართველოს განათლების მინისტრმა ერთ - ერთ პრიორიტეტად დასახა მომავალში ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელობის სახელმწიფო უნივერსიტეტში აღმოსავლეთმცოდნეობის კვლევის დიდი ცენტრის გახსნა.
2015 წლის 29 მაისის ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელმწიფო უნივერსიტეტის აკადემიური საბჭოს N55 დადგენილებით, ბათუმის სახელმწიფო უნივერსიტეტის ჰუმანიტარულ მეცნიერებათა ფაკულტეტზე შეიქმნა აღმოსავლეთმცოდნეობის დარგობრივი დეპარტამენტი, სადაც ამ ეტაპზე ფუნქციონირებს აღმოსავლეთმცოდნეობის მიმართულების თურქოლოგიის საბაკალავრო და სამაგისტრო საგანმანათლებლო პროგრამები.
2015 წლის პირველ სექტემბერს, აღმოსავლეთმცოდნეობის დეპარტამენტის პირველ ხელმძღვანელად დაინიშნა პროფესორი ემზარ მაკარაძე.
2023 წლის 9 იანვარს, ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელმწიფო უნივერსიტეტის ჰუმანიტარულ მეცნიერებათა ფაკულტეტის აღმოსავლეთმცოდნეობის დეპარტამენტის საერთაშორისო სამეცნიერო ელექტრონულ ჟურნალ „აღმოსავლეთმცოდნეობის მაცნეს“ (E-ISSN 2720-8168; ISSN 2587-490X) ევროპის საცნობარო ინდექსი ჰუმანიტარულ და სოციალურ მეცნიერებებისთვის -ERIHPLUS-ი მიენიჭა. საერთაშორისო სამეცნიერო ჟურნალი აღმოსავლეთმცოდნეობის მაცნე დაარსდა 2018 წელს ბსუ-ს ჰუმანიტარულ მეცნიერებათა ფაკულტეტის აღმოსავლეთმცოდნეობის დეპარტამენტის ბაზაზე.
ამჟამად დეპარტამენტში მოქმედი საგანმანათლებლო პროგრამების განხორციელებაში მონაწილეობენ შემდეგი აკადემიური პირები: პროფესორები: ემზარ მაკარაძე, ზაზა შაშიკაძე, ლილე თანდილავა, ასოცირებული პროფესორები: მანუჩარ ლორია, ლიანა ჭყონია, ასისტენტ პროფესორები: ალკაზარ კაშია, ციალა ლაგვილავა, ფილოლოგიის აკადემიური დოქტორები: ვარდო ჩოხარაძე, ნონა ნიქაბაძე, ისტორიის აკადემიური დოქტორი: ბექა მაკარაძე. მასწავლებლები: ზაური შანთაძე, დავით ანდღულაძე, ლაშა ბოლქვაძე.
